У першому триместрі магнітно-резонансна томографія протипоказана через ризик порушення нормальної закладки життєво важливих органів майбутньої дитини, не рекомендується у другому та третьому триместрі. У той же час МР-сканування використовується в діагностиці вже більше 30 років, і за ці роки не було отримано даних про те, що магнітне поле томографа може завдати шкоди майбутній дитині. Тому, якщо без проведення діагностики не обійтися, МР-томографія є кращим методом порівняно з рентгенографією або КТ.

Не можна проводити вагітним МРТ із контрастом, оскільки контрастна речовина проникає з крові жінки через плаценту до плода.